A ação contou com apoio das Polícias Civis do Amazonas, Paraná, Santa Catarina e São Paulo. Uma equipe especializada Delegacia de Combate às Organizações Criminosas e à Lavagem de Dinheiro foi enviada para Manaus, capital amazonense, por conta da quantidade de alvos na região Norte.
A primeira fase da operação Rota do Rio descobriu um dos maiores esquemas de fornecimento de drogas entre as facções Comando Vermelho (CV) e Comando Vermelho do Amazonas (CVAM). As investigações mostraram que a droga era adquirida na fronteira tríplice entre Peru, Colombia, Brasil e escoada do Amazonas em uma rota pelo Rio Solimões, passando pelo Centro-Oesto do país, Minas Gerais, até chegar ao Rio de Janeiro. Já o dinheiro pago pelos entorpecentes fazia o caminho de volta.
Em um período de dois anos, o esquema movimentou cerca de R$ 30 milhões.